柯南与灰原哀被卷入黑衣组织的终极陷阱，太平洋上的“海洋生物研究站”实为埋葬二人大数据的海底坟墓。
为了庆祝太平洋浮标（全球警用监控系统）连接国际刑警组织，柯南一行人参观了一座半潜式海洋生物馆。同时，黑衣组织利用黑科技入侵系统，研发出了“跨龄识别系统”——只要你有幼年照片，就能找到现在的你。这意味着，服用APTX4869的灰原哀和柯南将无处遁形。组织派出的潜水艇和代号“黑铁”的杀手包围了生物馆，目标直取灰原哀。在密闭且下沉的设施中，柯南利用足球和腰带与组织在水下展开殊死搏斗。灰原哀为了不连累大家，准备独自与组织谈判，却被潜入的安室透救下。最后，柯南利用鱼群制造的声波炸毁了潜艇，但灰原哀的真实身份数据依然被传输了出去。结尾彩蛋，琴酒冷笑：“工藤新一，该算总账了。”
近年剧场版最强作，主线信息量爆炸。水下动作戏的调度堪称系列最佳，灰原哀的脆弱与决绝刻画得入木三分。虽然足球挡鱼雷依然科幻，但那份“哪怕身份暴露也要保护你”的浪漫，让老粉丝直接破防。
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